Cự ly 3km fun run là cự ly miễn phí cho VĐV nhằm xây dựng phong trào tại địa phương. VĐV xuất phát từ Trung tâm du lịch Phong Nha- Kẻ Bàng, chạy dọc theo đường ven sông  Son đến điểm 1,5km thì quay đầu về đích trước Trung tâm du lịch Phong Nha-Kẻ Bàng. 

Khoảng 400 vận động viên (VĐV) đến từ các tỉnh, thành trong cả nước và người dân địa phương đã tham gia và hoàn thành đường chạy. VĐV Phạm Xuân Hiển (SN 2000), là sinh viên đến từ Đại học Huế là người đầu tiên hoàn thành đường đua với thời gian khoảng 12 phút. Hiển cũng là VĐV đã đăng ký tham gia cư ly 42km tại giải lần này.

Sáng mai 21-3, giải sẽ chính thức diễn ra với các nội dung thi đấu: cự li 7km, 14km, 21km và 42km. Đường đua kéo dài từ Trung tâm du lịch Phong Nha - Kẻ Bàng đến Vườn thực vật, qua các điểm di tích lịch sử, du lịch nổi tiếng của tỉnh Quảng Bình, như: Đường 20 Quyết Thắng, cầu Trạ Ang, suối Moọc, cầu treo sông Son, bến đò Trằm Mé, Xuân Sơn...

Giải Marathon khám phá Quảng Bình là một trong các hoạt động khởi động mùa du lịch Quảng Bình năm 2021. Thông qua đó nhằm tuyên truyền quảng bá với bạn bè trong nước và quốc tế về tiềm năng, thế mạnh du lịch Quảng Bình nói chung và các giá trị đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên cũng như các sản phẩm du lịch tại Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng.